Οι εργασίες που σχετίζονται με την ίδρυση του μουσείου πραγματοποιήθηκαν από το Τμήμα Βιβλιοθήκης και Τεκμηρίωσης. Μία αίθουσα του «Μουσείου της Λωζάνης», η οποία εκθέτει βιβλία, έγγραφα και υλικό που σχετίζεται με τη Συνθήκη της Λωζάνης, επιπλώθηκε με βιβλία, έγγραφα και ορισμένα υλικά που δωρίστηκαν από το «Ίδρυμα Ινονού», και μια άλλη αίθουσα με αυτά που δωρήθηκαν από το «Ίδρυμα για την Ίδρυση και Ανάπτυξη Κέντρων Ιστορικής Έρευνας και Τεκμηρίωσης». Το μουσείο απέκτησε επίσημα την ταυτότητά του με την επιστολή του Υπουργείου Πολιτισμού με ημερομηνία 28 Αυγούστου 2000, με αριθμό 9658.

Μετά την ίδρυσή του, ειδικά μετά τη μεταφορά των μονάδων της Πρυτανείας από το Καραγάτς στην πανεπιστημιούπολη των Βαλκανίων, το μουσείο μετακινήθηκε αρκετές φορές λόγω της ανάγκης για χώρο εντός της πανεπιστημιούπολης Καραγάτς. Η πρώτη μεταφορά έγινε στο ισόγειο του κτιρίου που σχεδίασε ο αρχιτέκτονας Κεμαλετίν, το οποίο κάποτε χρησίμευε ως ο σιδηροδρομικός σταθμός της Αδριανούπολης και σήμερα χρησιμοποιείται ως Γραφείο του Κοσμήτορα της Σχολής Καλών Τεχνών. Κατά τη διάρκεια της μετεγκατάστασης, δεν υπήρξαν αλλαγές στο περιεχόμενο του μουσείου. Μόνο η τοποθεσία άλλαξε.

Το μουσείο μεταφέρθηκε ξανά στα τέλη του 2014 λόγω της αυξημένης χωρητικότητας της Σχολής Καλών Τεχνών, και τα αντικείμενα του μουσείου μεταφέρθηκαν στο κτίριο που διατέθηκε για το σημερινό Μουσείο Εθνικού Αγώνα και Λωζάνης. Ως αποτέλεσμα των εργασιών που πραγματοποιήθηκαν από το Εκτελεστικό Συμβούλιο Μουσείων του Πανεπιστημίου Θράκης υπό τον συντονισμό της Πρυτανείας, το όνομα του υπάρχοντος μουσείου άλλαξε σε «Μουσείο Εθνικού Αγώνα και Λωζάνης» σύμφωνα με την απόφαση της Γερουσίας της 29ης Ιανουαρίου 2015. Σύμφωνα με το ενημερωμένο σενάριο μετά την αλλαγή ονόματος, το μουσείο εμπλουτίστηκε σε πληροφορίες, έγγραφα και υλικό, και τα εγκαίνιά του πραγματοποιήθηκαν την Τρίτη 19 Απριλίου 2016, με μια ανανεωμένη έκθεση και διάταξη. Συμπερασματικά: Η ιδέα της ίδρυσης ενός Εθνικού Μουσείου Αγώνα, η οποία προέκυψε στα τέλη του 2014, μετατράπηκε στο «Εθνικό Μουσείο Αγώνα και Λωζάνης» στις αρχές του 2015 και, μετά από μακρές προσπάθειες, κορυφώθηκε με τα εγκαίνιά του το 2016.

Ισόγειο: Εθνικός Αγώνας

Διάδρομος: Χρονολόγιο του Εθνικού Αγώνα, Ανακωχή του Μόνδρου, Συνθήκη των Σεβρών και χάρτες της Λωζάνης που εκτίθενται μαζί.

Αίθουσα Α: Βιογραφίες. Περιλαμβάνει τις ιστορίες ζωής και τις φωτογραφίες ορισμένων ατόμων που συμμετείχαν στον Εθνικό Αγώνα στη Θράκη, τα οποία ήταν μεταξύ των ιδρυτών και υπηρέτησαν στην Εταιρεία Υπεράσπισης των Οθωμανικών Δικαιωμάτων του Πασαελί Θράκης. Αυτά τα άτομα είναι: M. Şevket Dağdevirenzade, Kasım Yolageldili, M. Şeref Aykut, Faik Kaltakkıran, Cafer Tayyar Eğilmez, Şevket Ödül. Χάρτης των θρακικών σιδηροδρόμων και πληροφορίες, έγγραφα και υλικό σχετικά με την κατάληψη των σταθμών πρώτα από Γάλλους και στη συνέχεια από Έλληνες στρατιώτες, την ίδρυση της Θρακικής Εταιρείας Πασαελή και την οργάνωσή της στην περιοχή.

Αίθουσα Β: Πληροφορίες και έγγραφα σχετικά με τις συγκεντρώσεις της Αδριανούπολης κατά την περίοδο του Εθνικού Αγώνα, την ίδρυση της Θρακικής Εταιρείας Πασαελή και την ένταξη της Θράκης στην Εταιρεία Υπεράσπισης των Δικαιωμάτων της Ανατολίας και της Ρούμελης, την κατάληψη της επαρχιακής διοίκησης από την Εταιρεία, τα Θρακικά Συνέδρια (Συνέδρια Λουλέμπουργκαζ και Αδριανούπολης) και τις εφημερίδες της Αδριανούπολης κατά την περίοδο του Εθνικού Αγώνα.

Αίθουσα Γ: Αλληλογραφία σχετικά με ορισμένα μέτρα που ελήφθησαν κατά της κατοχής της Θράκης, την κατοχή της Θράκης από Έλληνες στρατιώτες και την αιχμαλωσία του Τζαφέρ Ταγιάρ Πασά, τις ελληνικές θηριωδίες κατά την περίοδο της κατοχής και τις διαμαρτυρίες, απομνημονεύματα της περιόδου της κατοχής, επιστολές, έγγραφα και φωτογραφίες που αφορούν όσους εξορίστηκαν.

Αίθουσα Δ: Ο δρόμος προς την απελευθέρωση της Θράκης. Η Ανατολική Νίκη, όσοι υπηρέτησαν τον Εθνικό Αγώνα, οι δυνάμεις της Θρακικής Πολιτοφυλακής, η πίστη και η συμβολή του Μουσταφά Κεμάλ Πασά στη νίκη της Θρακικής υπόθεσης, η Ανακωχή των Μουδανιών και οι προετοιμασίες για την εκκένωση της Θράκης εξηγούνται με έγγραφα και εικόνες.

Πρώτος Όροφος: Η Απελευθέρωση της Θράκης και της Λωζάνης

Διάδρομος: Χρονολόγιο Λωζάνης, χάρτης της επαρχίας Αδριανούπολης και στοιχεία πληθυσμού του 1914.

Αίθουσα ΣΤ: Η απελευθέρωση της Θράκης. Πληροφορίες για τον Θράκα Διοικητή Ρεφέτ Μπελέ και τον Κυβερνήτη της Αδριανούπολης Σακίρ Κεσεμπίρ, την οργάνωση της Θρακικής χωροφυλακής, τους πολιτικούς αξιωματούχους και την παράδοση της Θράκης στους Τούρκους, και συγκεκριμένα τα γεγονότα της 24ης-25ης Νοεμβρίου 1922, ημέρας απελευθέρωσης της Αδριανούπολης, μαζί με πληροφορίες, έγγραφα και φωτογραφίες.

Αίθουσα G: Διάσκεψη της Λωζάνης και Συνθήκη Ειρήνης. Το μουσείο στεγάζει φωτογραφίες της αντιπροσωπείας της Λωζάνης και των αξιωματούχων της, τις οδηγίες και τα έγγραφα εξουσιοδότησης που δόθηκαν στην Αντιπροσωπεία της Λωζάνης, φωτογραφίες του κτιρίου και των αιθουσών του συνεδρίου, υπογεγραμμένα έγγραφα, παραδείγματα αλληλογραφίας μεταξύ της αντιπροσωπείας και της Άγκυρας, διατάξεις και χάρτες σχετικά με τα θρακικά σύνορα και τις αποστρατιωτικοποιημένες περιοχές σύμφωνα με τη Συνθήκη.

Αίθουσα Η: Φωτογραφίες και γελοιογραφίες σχετικά με τη Διάσκεψη της Λωζάνης, το Πρωτόκολλο Καραγάτς της Συνθήκης Ειρήνης της Λωζάνης, έγγραφα και φωτογραφίες σχετικά με τις σιδηροδρομικές μεταφορές και τη χρήση του σταθμού Καραγάτς, καθώς και την παράδοση του Καραγάτς στους Τούρκους στις 15 Σεπτεμβρίου 1923.

Το Μουσείο Εθνικού Αγώνα και Λωζάνης συνδέεται με το Πανεπιστήμιο Θράκης και καλωσορίζει τους επισκέπτες.