Ο Σουλτάνος Μεχμέτ ο Πορθητής είναι μια από τις πιο εξαιρετικές προσωπικότητες στην τουρκική, ισλαμική και παγκόσμια ιστορία. Είναι μια ιδρυτική ιδιοφυΐα που έκλεισε μια εποχή και άνοιξε μια άλλη. Η Αδριανούπολη είναι η πόλη όπου γεννήθηκε ο Φατίχ, πέρασε τα παιδικά και νεανικά του χρόνια, όπου αναπτύχθηκε η προσωπικότητά του, όπου ανέβηκε στο θρόνο δύο φορές και όπου ξεκίνησε ένα εγχείρημα που μπορεί να θεωρηθεί σημείο καμπής στην παγκόσμια ιστορία: την κατάκτηση της Κωνσταντινούπολης. Ο Μεντρεσέ του Πύργου του Ρολογιού, που στεγάζει το μουσείο, αποτελεί μέρος του Τζαμιού και του Συγκροτήματος Üç Şerefeli, ενός αριστουργήματος οθωμανικής αρχιτεκτονικής του 15ου αιώνα. Το κτίριο του μουσείου ανατέθηκε από τον Σουλτάνο Μουράτ Β', ο οποίος μετέτρεψε την Αδριανούπολη σε κέντρο μάθησης με τους μεντρεσέδες που ίδρυσε.
Η κατασκευή του Saatli Medrese (Μαντρεσέ με το Ρολόι) συμπίπτει με την παιδική ηλικία και τα πρώτα νεανικά χρόνια του Σουλτάνου Μεχμέτ του Πορθητή, στον οποίο είναι αφιερωμένο το μουσείο. Λέγεται ότι έλαβε μαθήματα εδώ κατά τη διάρκεια της θητείας του ως πρίγκιπας ή ότι η πρώτη τελετή μαθημάτων του, γνωστή ως "bed-i besmele", πραγματοποιήθηκε εδώ.
Το Saatli Medrese υπέστη ζημιές στον μεγάλο σεισμό της Αδριανούπολης το 1752. Ενώ το κτίριο βρισκόταν σε ερειπωμένη κατάσταση, αναστηλώθηκε μεταξύ 2014 και 2019 ως αποτέλεσμα του έργου και της υλοποίησης που πραγματοποίησε η Γενική Διεύθυνση Ιδρυμάτων.
Στις 16 Ιουλίου 2020, υπογράφηκε πρωτόκολλο μεταξύ της Κυβέρνησης της Αδριανούπολης και του Πανεπιστημίου του Ιδρύματος Φατίχ Σουλτάν Μεχμέτ, με το οποίο αποφασίστηκε ότι το Saatli Medrese θα εκτίθεται και θα οργανώνεται ως Μουσείο Φατίχ Σουλτάν Μεχμέτ. Σύμφωνα με αυτό, συντάχθηκε ένα σενάριο μουσείου και δημιουργήθηκε ο σχεδιασμός της έκθεσης και του περιεχομένου σύμφωνα με την έκθεση αποτελεσμάτων του συνεδρίου έρευνας που πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο αυτό και υπό την επίβλεψη της συμβουλευτικής επιτροπής του μουσείου. Το Μουσείο Φατίχ Σουλτάν Μεχμέτ εγκαινιάστηκε επίσημα στις 25 Μαΐου 2021.
Το Μουσείο Φατίχ Σουλτάν Μεχμέτ είναι ένα ιδιωτικό μουσείο που συνδέεται με την Ειδική Διοίκηση της Επαρχίας Αδριανούπολης και καλωσορίζει τους επισκέπτες.
