Uzunköprü'nün ülke ulaşımında önemli bir yeri vardır. Eskiden İstanbul'u Avrupa'ya bağlayan demiryolu hattı Eskiköy'den Yunanistan'ın Pithion istasyonuna geçerdi. 33 Km'si Yunanistan topraklarında olan bu demiryolu daha sonra yine Türkiye sınırlarına girerek Karaağaç istasyonuna ulaşırdı.

1971'de Pehlivanköy-Edirne-Kapıkule hattının işletmeye açılmasından sonra Avrupa ile demiryolu ulaşımının sağlanması açısından Uzunköprü eski önemini yitirdi. Günümüzde Sirkeci'den Atina'ya her gün düzenli olarak sefer yapan tren Uzunköprü'nün Eskiköy sınır kapısından Yunanistan'a geçer.

Ayrıca, E-80 ile E-87 karayolları Uzunköprü'yü Keşan, Edirne ve İstanbul'a bağlar.